"清朝的興起和對天山南北的統(tǒng)一奠定了近代中國國家西北疆域的基礎(chǔ)。建省之舉則使新疆同內(nèi)地行政建制一致起來，清朝對新疆的治理以及引起的社會變革也是歷史上極為空前的。   
    清朝是繼元朝后由少數(shù)民族——滿族創(chuàng)建的又一個全國性的統(tǒng)一的朝代。同時也是中國歷史上最后一個封建集權(quán)王朝。1644年清朝建立之初，清朝使臣同當(dāng)時控制天山南北各地軍政事務(wù)的察合臺汗后裔進行聯(lián)系，哈密、吐魯番等地的察合臺汗后裔表示臣服，并派遣使臣前往內(nèi)地朝貢，兩地關(guān)系和睦，經(jīng)濟交流不斷。至東察合臺汗國后期，察合臺汗后裔爭權(quán)奪利，內(nèi)訌迭起，伊斯蘭教和卓干預(yù)汗國政事，導(dǎo)致政局更加動蕩。1680年，白山派首領(lǐng)阿帕克和卓引導(dǎo)蒙古準噶爾首領(lǐng)噶爾丹部眾南下，推翻東察合臺汗國，天山南北各地皆處在準噶爾部貴族統(tǒng)治之下。   
    準噶爾是西蒙古(一稱厄魯特，明代稱瓦刺)四部(其他三部是杜爾伯特、和碩特、土爾扈特)之一部，明末清初，已經(jīng)發(fā)展成為四部之首，在兼并其他各部勢力范圍之后，力量逐漸強盛起來。隨著東察合臺汗國的覆沒，其軍事實力更是大增，在這種情況下，噶爾丹違背國家統(tǒng)一的趨勢，在獨霸天山南北之后，多次向清朝挑釁，欲同清朝分庭抗禮。為了維護清朝的統(tǒng)治，康熙、雍正和乾隆皇帝多次派兵討伐，1690年，康熙皇帝親率大軍于烏蘭布通大敗噶爾丹，1755年清軍又征伐達瓦齊獲勝，為此在昭蘇縣格登山上立紀功碑。不久，西蒙古的阿睦爾撒納再度起兵反叛，并占領(lǐng)了伊犁，清軍于1756年攻占伊犁，平定了阿睦爾撒納之亂。至此，清朝終于徹底平息了騷擾西北邊疆安全的準噶爾割據(jù)政權(quán)的叛亂。   
    準噶爾割據(jù)政權(quán)統(tǒng)治期間，曾經(jīng)扶持伊斯蘭教“白山派”勢力以維護其對南疆地區(qū)的政治統(tǒng)治。清朝平定準噶爾割據(jù)政權(quán)后，依然繼續(xù)讓大、小和卓(大和卓波羅泥都、小和卓霍集占)管理天山南路各地事務(wù)，企圖借助他們的社會影響來進行統(tǒng)治。殊不知和卓勢力作為一個十分守舊落后的社會政治集團，實際上是一股嚴重妨礙天山南北各地社會穩(wěn)定的分裂勢力。因此，當(dāng)大、小和卓依靠清朝政府的威望，達到控制南疆各地事務(wù)的目的之后，便于1757年公開舉起反叛的旗幟，他們殺死清軍首領(lǐng)阿敏道以及所屬官兵100多人，在該地恢復(fù)了白山派的政教合一統(tǒng)治，公然同清朝作對。大、小和卓倒行逆施的行動引起各族人民的強烈反對。1758年，清朝出兵再平大、小和卓叛亂。翌年，清軍攻占天山南麓諸城，大、小和卓之亂一舉平定。清朝大體完成了天山南北各地之統(tǒng)一。清政府開始在各地置官立府，行使中央政府對天山南北各地的管轄治理，1762年始設(shè)伊犁將軍管理西域諸地軍政事務(wù)，府治駐惠遠城，伊犁因此成為當(dāng)時清朝統(tǒng)治天山南北的政治中心。全疆各地軍政事務(wù)則分設(shè)都統(tǒng)、參贊、辦事、領(lǐng)隊大臣進行管理。西域與內(nèi)地的軍政體制基本一致，國家的統(tǒng)一局面得到進一步的加強。   
    清朝對天山南北各地的政治統(tǒng)一，順應(yīng)了包括西域各族人民在內(nèi)的全國人民渴望結(jié)束分裂、要求實現(xiàn)國家統(tǒng)一的愿望和時代發(fā)展趨勢，是自秦漢以后兩千多年來西域諸地與祖國內(nèi)地統(tǒng)一關(guān)系的發(fā)展和必然的歸宿，體現(xiàn)了新疆歷史過程中政治經(jīng)濟文化發(fā)展的內(nèi)在要求和客觀規(guī)律。